Estructura Orgánica,

Director
- Gabinete
- Asesoría Jurídica
- Auditoría Interna
- Planificación Estratégica y Control de Gestión
- Asuntos Internacionales
- Comunicaciones e Imagen Institucional
- Investigación y Evaluación de Tecnologías
- Departamento Agencia Nacional de Medicamentos de Chile - ANAMED
  - Subdepartamento de Registro Autorizaciones Sanitarias
  - Subdepartamento de Inspecciones
  - Subdepartamento Laboratorio Nacional de Control
  - Subdepartamento de Biofarmacia y Bioequivalencia
  - Subdepartamento de Farmacovigilancia
  - Subdepartamento de Dispositivos Médicos
  - Subdepartamento de Estupefacientes y Psicotrópicos
- Departamento Laboratorio Biomédico y Nacional de Referencia
  - Subdepartamento de Genética Molecular
  - Subdepartamento de Enfermedades Virales
  - Subdepartamento de Enfermedades Infecciosas
  - Subdepartamento de Enfermedades No Transmisibles
  - Subdepartamento de Coordinación Externa
- Departamento de Salud Ocupacional
  - Subdepartamento de Ambientes Laborales
  - Subdepartamento de Seguridad y Tenologías en el Trabajo
  - Subdepartamento de Salud de los Trabajadores
- Departamento de Salud Ambiental
  - Subdepartamento de Producción
  - Subdepartamento de Alimentos y Nutrición
  - Subdepartamento de Metrología y Desarrollo Tecnológico
  - Subdepartamento del Ambiente
  - Subdepartamento de Sustancias Ilícitas
- Departamento de Administración y Finanzas
  - Subdepartamento de Abastecimiento
  - Subdepartamento de Recursos Humanos
  - Subdepartamento de Servicios Generales
  - Subdepartamento de Tecnología de la Información y Comunicaciones (TIC)
  - Subdepartamento de Gestión Financiera
  - Subdepartamento de Comercialización